Nella storia della chiesa possiamo risalire al 1500, quando Pomaretto era ricompresa politicamente nella cosiddetta Val Perosa che andava da Porte fino a Pomaretto e Perosa Argentina.

In quel periodo i riformati presenti tra Perosa e Pomaretto disponevano di tre templi, all’Albona e alla Chapelle di Perosa Argentina e ai Pons o Podio di Pomaretto. Col trattato di Cavour del 6 giugno 1561, il duca Emanuele Filiberto di Savoia fu costretto a riconoscere l’esistenza della minoranza religiosa riformata sulle sue terre. All’art. 5 del trattato si consente di «far prediche et Congregationi et altri ministerii, secondo detta loro Religione nel luogo nominato el Poi solamente, et non in altro luogo ne fini di detta Parrocchia».

I templi della Chapelle e dei Pons vennero distrutti nel 1686, a seguito della revoca dell’Editto di Nantes e dell’esilio forzato. Dopo il Rimpatrio, a seguito di infinite richieste e suppliche, il re Carlo Felice autorizzò nel 1825 la costruzione di un nuovo tempio, edificato tra il 1826 e il 1828 sull’area chiamata Ridotta regia, nella posizione attuale, grazie al generoso contributo dello zar Alessandro 1° di Russia, che volle garantire anche la costruzione di un ospedale valdese. Allo stesso periodo risale il nuovo presbiterio al centro del paese.

Tra i pastori di Pomaretto troviamo il pastore e condottiero del Glorioso Rimpatrio Enrico Arnaud, assegnato dal sinodo alla sede della Chapelle dal 1679 al 1683.

Altra grande personalità fu il pastore Pietro Lantaret, in servizio dal 1845 al 1890, per due volte moderatore della Tavola valdese. Fece costruire almeno sei scuole quartierali, compresa quella del capoluogo; organizzò le scuole domenicali, che non esistevano, e iniziò le riunioni quartierali.

In tempi più recenti, la chiesa è salita oltre i mille membri dopo la seconda guerra mondiale, con la migrazione interna alla Val Germanasca, dai paesi più alti, Prali, Massello e Rodoretto, verso la bassa valle.